地球被未知的生命體．奇居子破壞，倖存的人類搭乘巨大的宇宙船「希德尼婭」航向星海，沒想到奇居子竟然在事隔100年後再度出現。再次面臨滅亡危機的人類，在人類與奇居子所生下的白羽衣紬，以及操縱衛人的王牌操縱士谷風長道的活躍下，暫時擊退了奇居子。人類在歷經苦戰之後終於獲得勝利。
在那之後過了10年。希德尼婭的人們享受了一段短暫的和平。紬也偷偷喜歡著成為希德尼婭英雄的長道，就這樣過著和平的日子。但是艦長小林明白。只要奇居子還在，和平的日子就不會長久。於是她發起了賭上人類存亡的最後決戰。為了保護所愛的人，希德尼婭的最後一場戰鬥終於開始。
