娜迪亞和約翰從覬覦她所持寶石的葛蘭蒂斯一行人逃跑，並開始了尋找娜迪亞的尋找故鄉之旅。途中，他們巧遇邪惡組織「尼奧亞特蘭帝國」（或譯新亞特蘭帝國）的總統卡格伊所占據的島嶼上倖存的少女瑪莉。但是，娜迪亞、瑪莉和小獅王被卡格伊拐走。為了拯救他們，約翰和葛蘭蒂斯三人組聯手，並且和萬能潛水艇鸚鵡螺號及尼莫船長等人相遇，最終還被捲入了和卡格伊的戰鬥。
本作品的主要構成是以傳說中的擁有超古代文明的大陸帝國─亞特蘭蒂斯帝國為主軸，第一部為鸚鵡螺號和尼奧亞特蘭雙方使用從前亞特蘭蒂斯人所造之先進機械來進行海底及空中戰爭，但第二部 為無人島悠閒生活的故事和在非洲發生的趣事，第三部彷彿宇宙戰艦大和號般的新鸚鵡螺號和尼奧亞特蘭的宇宙戰爭。
