故事講述了名叫蘭頓·薩斯頓（Renton Thurston）的少年與神秘的少女LFO駕駛員艾蕾卡（Eureka）相遇，並加入反政府武裝團體「月光洲」（Gekkostate），在月光號上不斷成長。隨著一次又一次的戰鬥，原來入世未深的蘭頓逐漸發現他從前所不知道的真相。
蘭頓·薩斯頓是一名看似普通的十四歲少年，他的父親阿德洛克·薩斯頓（Adroc Thurston）是一名軍隊的研究人員，在第一次「愛之夏」（Summer of Love）之中犧牲自己拯救了星球而被世人稱為英雄。然而蘭頓對自己和作為機械工程師的祖父相依為命的生活現狀卻十分不滿，流行的運動「滑空」（Lifting）成了他打發時間的唯一愛好。他最大的夢想是有一天能夠加入傳奇滑空天才霍蘭德（Holland）的組織「月光洲」（Gekkostate），成為和他一樣出色的滑空選手。可是他的祖父阿克賽爾·薩斯頓（Axel Thurston）卻希望他成為一名出色的機械工程師，繼承家業。
交響詩篇的故事就圍繞蘭頓和艾蕾卡關係的發展而展開了，隨著時間的推移，蘭頓的心理和能力都得到了極大的成長，對船上各個成員的不為人知的往事都開始有了逐漸的瞭解，為了保護自己心愛的人和這個星球，他和敵人展開了一次又一次的戰鬥；而這顆星球的秘密，也在他眼前逐漸地展開…
